تتالى التقارير والأظلة التي تثبت تورط قطر في دعم الإرهاب وتمويله او من خلال توفير ملاذ آمن لأخطر الإرهابيين في العالم وخالد شيخ محمد أبرز الأمثلة على ذلك.
موقع standard republic أورد تقريرا لسلمان الأنصاري رئيس مجلس العلاقات السعودية الأمريكية ترجمته عنه الرياض بوست أكد فيه الأنصاري أن خالد شيخ محمد، العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر، استخدم قطر كمركز للتخطيط وكحلقة وصل بينه وبين التنظيمات الإرهابية ، حيث عاش وعمل في الدوحة قبل أن يسافر إلى الفلبين فى عام 1994 للعمل على مؤامرة بوجينكا وهى مؤامرة كانت تهدف لتدمير اثنتا عشرة طائرة تجارية تحلق طرقا بين الولايات المتحدة وشرق اسيا وجنوب شرق اسيا.
ويؤكد الأنصاري أن العقل المدبر للهجمات الدموية وصل مرتين على الأقل إلى الدوحة بين عامي 1995و 1996، و خلال إحدى زياراته، استقبله وزير الشؤون الدينية القطري الشيخ عبدالله آل ثاني، في حين تشير التقارير بأنه قضى أقل من عام في الدوحة حينها ،لكن آثار ذلك كانت دموية وقاتلة.
وبحلول الوقت الذي تم فيه اكتشاف مؤامرة بوجينكا، عاد شيخ محمد مجددا إلى قطر وعمله كمهندس مشروع في وزارة الكهرباء والمياه في البلاد قبل أن يسافر في عام 1995 إلى نطاق واسع في جميع أنحاء المنطقة لزيارة أعضاء التنظيمات الجهادية، حيث حاول خلال زيارته للسودان مقابلة أسامة بن لادن الذي كان يعيش في السودان في ذلك الوقت بمساعدة الزعيم السياسي السوداني حسن الترابي.
و خلال تلك الفترة 1995-1996، سافر شيخ محمد على نطاق واسع واستخدم الدوحة كمركز خلال هذه الرحلات المثيرة والتي لفتت إليها إهتمام السعودية و الولايات المتحدة، حيث كتب ريتشارد كلارك المنسق الوطني للأمن ومكافحة الإرهاب في إدارتي كلينتون وبوش "صحيح أن قطر كانت ملاذا لقادة المجموعات التي تعتبرها الولايات المتحدة أو غيرها من المنظمات الإرهابية، غير أن هذا ليس شيئا جديدا...انها مستمرة في ذلك منذ ما لا يقل عن 20 عاما - وكان واحد من أولئك الذين تحصلوا على ملاذ آمن هو العقل المدبر لهجمات 9-11 ".
ويصف كلارك التعنت القطري في القبض على شيخ محمد عام 1996 بسبب وقوفه وراء تفجيرات بوجينكا المجهضة، الذي دفع بالحكومة الأمريكية لتصنيفه كأخطر الإرهابيين،قبل أن تصدر لائحة اتهام جنائية اتحادية له من قبل المخابرات الأمريكية في محاولة تحديد موقعه على سبيل الأولوية العالية حيث يقول كلارك: "وجدت المخابرات الأمريكية شيخ محمد في قطر، يتمتع بعمل وملاذ آمن".
حينها بحثت الولايات المتحدة الخطوة التي يمكن اتخاذها من خلال لجنة مشتركة بين الوكالات ترأستها، مجموعة الأمن لمكافحة الإرهاب، و كان هناك إجماع في المجموعة على أنه لا يمكن الثقة في أن حكومة قطر ستعمل على تسليم شيخ محمد.
ونظرا للتعاطف القطري التاريخي مع الإرهاب وعلاقة شيخ محمد القوية بعضو في مجلس الوزراء القطري وهو عضو في العائلة المالكة أيضا، يبدو أن له علاقات مع جماعات إرهابية مثل القاعدة، أكد كلارك: "قررنا أن نقوم بإعتقاله في قطر عبر إنزال عسكري أوعبر المفاوضات مع حكومة قطر وهو الخيار الذي تعهد به السفير الأمريكي الذي ما إنتهى إجتماعه بالأمير القطري حتى تأكدت مغادرة شيخ محمد لقطر بعد تهريبه.
ويختم الأنصاري بالتاكيد على أنه و بعد مؤامرة بوجينكا الفاشلة وتفجيرات 11 سبتمبر شرع شيخ محمد في المساعدة في تنسيق لتفجير بالي في إندونيسيا، وقتل الصحفي الأمريكي دانيال بيرل، وغيرها من الهجمات الإرهابية قبل أن يتم إلقاء القبض عليه في عام 2003، في باكستان من قبل المسؤولين الأمريكيين وهو اليوم في غوانتانامو، لكن الأهم من محاكمة شيخ محمد وفق هي محاكمة قطر على ما قدمته له من دعم.