حذر تقرير نشره مؤسسة كارنيجي للسلام من أن يُنظَر إلى الأقباط بأنهم من أشدّ الداعمين لحكومة السيسي. وأن عدم تبنّي البابا تواضروس الثاني بابا الاسكندرية موقفاً محايداً ربما يحدّان من قدرة الكنيسة على حماية حقوق الأقباط. وأضاف التقرير إن لم يتخلّى البابا عن صلاحياته الدنيوية ويمنح الأقباط دوراً سياسياً ناشطاً ومحورياً عبر تشجيع الشباب المصري على المشاركة بقوة في المجتمع والمطالبة بالمساواة في المواطنة. وأشار يوهانس مقار معد التقرير إلى أن البابوية تسيطر على الحراك السياسي لدى الأقباط منذ خمسينيات القرن العشرين - بعد قيام عبد الناصر بحل المجلس الملّي الذي كان عبارة عن مجلس نافذ من الأقباط العلمانيين - بيد أن الهيمنة البابوية لم تساهم في تحسين أوضاع الأقباط. فالتمييز ضدهم متجذّر بقوة في المجتمع المصري، ليس فقط في أوساط الإسلاميين المتشددين (كما تروّج وسائل الإعلام التابعة للدولة)، إنما أيضاً في أوساط الحكومة والجيش. ومن ثم فإن أي أصوات معارضة من شعب الكنيسة الأرثوذكسية تخشى عدم دعم البابا خوفاً من أن تتسبّب معارضته بتهميش الأقباط أكثر فأكثر، مع العلم بأنهم يعانون أصلاً من نقص شديد في التمثيل في آلية صنع القرارات على المستوى الوطني، هذا فضلاً عن تشكيكهم في المؤسسات العلمانية مثل المجلس الملّي. في الوقت ذاته يعتبر الناشطون الأقباط أن الأحداث الأمنية تسلّط الضوء على الحاجة إلى أن يعمد البابا تواضروس الثاني إلى تغيير دور الكنيسة في السياسة الداخلية. فالبابا لم يبذل مجهوداً فعلياً لإدراج المسألة على جدول الأعمال السياسي، ولم يجرؤ سوى عدد قليل جداً من رجال الدين على توجيه انتقادات علنية للنظام بسبب تقاعسه. لذا يرى التقرير أن هناك خطر يأتي من دعم البابا للسيسي على حساب قدرة الأقباط على الدفاع عن حقوقهم في المدى الطويل. فمنتقدو البابا تواضروس الثاني يقولون إنه أذعن لإجراءات النظام السلطوية، ومنهم الأب فيلوباتير جميل عزيز الذي انتقد الجيش مراراً وتكراراً على خلفية قتل المتظاهرين في ماسبيرو. وقد اتُّهِم بدوره بالتحريض على العنف ضد الجيش المصري، وأصدرت محكمة عسكرية حكماً في العام 2012 يقضي بمنعه من السفر لفترة وجيزة. علاوةً على ذلك، يطالب الأب ماتياس باستمرار بتمثيل عادل للأقباط في السياسة، كما ينتقد القضاء المصري لفشله في حماية الأقلية الأكبر في البلاد. ويرى التقرير أن الدعم الذي يبديه البابا للسيسي وحكومته المدعومة عسكريا، هو انعكاس لرغبة الكنيسة في أن تضمن للأقلية الأكبر في البلاد حماية لها من التهميش والعنف، لكن هذا لم يحدث إذ فشلت الحكومة في حماية الأقباط، ولم تعيد بناء أو ترميم الأربعين كنيسة التي تم الاعتداء عليها من بعد عزل الرئيس الأسبق الدكتور محمد مرسي.